Pendant plusieurs semaines, d'étranges lumières apparurent près de sa tombe (comme ce fut le cas pour saint Jean de la Croix, mort en 1591, et dont le corps, exposé pour la dernière fois en public en 1955 à Ségovie, était toujours souple et ferme, quoique légèrement décoloré). Ces lumières insolites poussèrent les autorités monastiques à ordonner l'exhumation, et la fosse fut ouverte quarante-cinq jours plus tard. Le corps de saint Charbel était parfaitement intact, en dépit de la pluie et des inondations qui avaient transformé la tombe en bourbier. Le cadavre fut alors lavé et revêtu de vêtements neufs avant d'être placé dans un cercueil de bois dans la chapelle du monastère. Au bout d'un certain temps, un liquide huileux ayant l'odeur du sang frais - on aurait dit un mélange de sang et de sueur, dirent les témoins - commença à sourdre des pores du saint. Cet épanchement devint bientôt si abondant que les vêtements durent être changés deux fois par semaine, et les lambeaux de linge ainsi imbibés furent gardés comme autant de précieuses reliques auxquelles on attribua nombre de guérisons miraculeuses. Les restes de saint Charbel demeurèrent en cet état jusqu'en 1927, date à laquelle un examen médical fut ordonné. Le corps fut placé dans un autre cercueil de bois doublé de zinc, et un document contenant les observations faites par les médecins fut scellé dans un tube de zinc et déposé aux pieds du saint. Puis le cercueil fut lui-même emmuré au milieu d'une paroi du monastère.
Vingt-trois ans plus tard, en 1950, des pèlerins venus visiter le sanctuaire remarquèrent qu'un curieux liquide suintait hors du mur renfermant le cercueil, qui fut à nouveau ouvert, toujours en présence d'autorités religieuses et médicales. Saint Charbel restait parfaitement conservé : son corps, souple, gardait toutes les apparences de la vie, alors que ses vêtements, imbibés par l'étrange fluide, tombaient en lambeaux (par suite de la dessiccation, une grande partie du liquide formait une masse solide dans le cercueil). Le tube de zinc, par contre, apparaissait fortement corrodé.
Depuis cette date, la tombe a été ouverte chaque année et le corps très soigneusement examiné. Chaque fois, il est apparu dans un inexplicable état de fraîcheur, et le fluide huileux (qui forme dans le cercueil un dépôt de 8 cm) est précieusement recueilli en vue d'obtenir des guérisons miraculeuses.